iMeta 2022年度“最佳方法”评选结果

iMeta 2022年度“最佳方法”评选结果

为期一周的iMeta 2022年“最佳方法”评选活动已结束，感谢广大读者和科研人员的积极参与！

最终，编辑部综合考虑文章的发表日期、引用、下载量和网络得票，评选出以下四篇方法论文：

imageGP: 高颜值高被引绘图网站

ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers

祝贺中国中医科学院黄璐琦院士、陈同和中国农科院刘永鑫！

该论文介绍了一款简单易用、功能强大的在线绘图工具 ImageGP。ImageGP 可以在线生成常见的线图、柱状图、散点图、箱线图、集合图、热图和直方图等。用户只要粘贴进去数据矩阵，就可以快速出图。同时 ImageGP 还支持火山图、富集分析泡泡图、主成分分析类图等和4种微生物领域的功能预测和生物标志物鉴定分析，包括 FAPROTAX, BugBase, PICRUSt 和 LEFSe。在满足方便易用的同时，ImageGP也提供了灵活性，可以设置常见参数、调整样式，输出发表质量的。

复杂热图可视化

Complex heatmap visualization

祝贺德国国家肿瘤中心顾祖光！

ComplexHeatmap 软件包为构建高度可定制的热图提供了最丰富的工具集。ComplexHeatmap 可以通过自动拼接和调整多个热图以及添加复杂注释，轻松建立多个来源信息之间的关联，因此 ComplexHeatmap 被广泛应用于许多领域的数据分析中，特别是生物信息学，以发现隐藏在数据中的关键结构。在本文中，作者系统性地介绍了 ComplexHeatmap R包在复杂热图可视化方面的特性和功能。

针对微生物组学研究的集成网络分析平台

iNAP: an integrated Network Analysis Pipeline for microbiome studies

祝贺中科院生态中心邓晔团队及其合作者！

iNAP是可用于微生物组学研究中，生成和分析生态网络的在线分析平台，主要由网络构建和网络分析两个部分组成，同时集成了多个分析工具。从微生物组数据到网络分析结果，iNAP包含分子生态网络分析（MENAP）和跨域物种生态网络分析（IDENAP）的完整分析流程，分别对应于多个分类水平下微生物物种的域内和域间互作关系。本文中，作者以 IDENAP 为例描述了详细流程，并展示利用数据集进行网络分析的全部操作步骤。平台上也提供了从本地分析到在线操作转换的辅助分析工具。iNAP 作为一个提供多种网络分析方法和工具的易于操作的在线平台，可以帮助研究人员更好地了解微生物群落构建机制。

ggClusterNet：包含多种基于模块可视化布局算法的微生物网络挖掘R包

ggClusterNet: a R package for microbiome network analysis and modularity-based multiple network layouts

祝贺南农沈其荣团队和中国农科院刘永鑫！

本研究开发了名为ggClusterNet的R包，用于更加容易的进行网络数据分析挖掘和可视化。作者在ggClusterNet包中设计了数十种网络布局算法用于更好的展示微生物网络模块化信息。为了方便研究者使用，作者设计了多种微生物网络数据挖掘功能，例如相关性计算（corMicor()），网络属性计算（net_properties()），节点属性计算（node_properties()），随机网络计算和比对（random_Net_compate()）等。为了更加快捷挖掘网络，作者进一步将这些功能封装整合成两个函数network.2() 和 corBionetwork()，分别用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘。

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