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完整代码已经上传github:
https://github.com/ImageVisioner/Matlab_ImageProcessing_cell.git
各位撇学生,这次是真的好久不见啦,我是小刘老师。今天的任务是教会大家利用Matlab对大肠杆菌细胞进行计数这是一个非常基础的图像任务,利用Matlab能够快速的实现。
先看看我们今天要处理的图像长什么样子:
Ecoli=imread('Ecoli.png')
imshow(Ecoli),title('Ecoli Image');
其中绿色部分为大肠杆菌,红色部分为其他杂质。
去除红色杂质细胞
在这里我们的思路是将原图转换到HSV空间,新建一个黑色背景,将绿色的大肠杆菌复制到黑色背景里面。
Ecoli_hsv = rgb2hsv(Ecoli);%转到hsv空间
% 创建一个黑色的背景
flagnew = zeros(size(Ecoli));
在图中找寻绿色的像素
在图中找寻绿色的像素
[row, col] = ind2sub(size(Ecoli_hsv),find(Ecoli_hsv(:,:,1)>0.12...
& Ecoli_hsv(:,:,1)< 0.6 & Ecoli_hsv(:,:,2)>0.16 & Ecoli_hsv(:,:,3)>0.18));
%遍历循环到黑色背景中
for k = 1 : length(row)
flagnew_hsv(row(k),col(k),:) = Ecoli_hsv(row(k),col(k),:);
end
最重要的是将图像从hsv转到rgb空间:
Ecoli_green = hsv2rgb(flagnew_hsv);
看看这提取效果,我都要啧啧称赞
图像的预处理操作
level = graythresh(Ecoli_green);
disp(level)
Ecoli_green_gray=rgb2gray(Ecoli_green)
BW_Ecoli_green = imbinarize(Ecoli_green_gray,level);
BW_Ecoli_green = bwareaopen(BW_Ecoli_green,15);
imshow(BW_Ecoli_green)
colorc = bwconncomp(BW_Ecoli_green,8)
labeled = labelmatrix(colorc );
RGB_Ecoli = label2rgb(labeled,'spring','c','shuffle');
边缘检测,与叠加掩膜操作
Ecoli_green_edge=edge(BW_Ecoli_green,'Canny',0.5);
double_BW_Ecoli_green=im2double(BW_Ecoli_green)
double_Ecoli_green_edge=im2double(Ecoli_green_edge)
B=labeloverlay(double_Ecoli_green_edge,double_BW_Ecoli_green)
hold on;
给你的图像进行一些神操作
把上图染色后的图像进行框选:
%for loop
for k=1:Num_obj
[row,cum] = find(L == k);
rbar = mean(row);
cbar = mean(cum);
plot(cbar,rbar,'marker','S','markeredgecolor','m','markersize',25,'LineWidth',2);
end
将计数标在细胞旁边上:
status=regionprops(L,'BoundingBox');
centroid = regionprops(L,'Centroid');
figure();
imshow(L);
for i=1:Num_obj
%Number mark
text(centroid(i,1).Centroid(1,1)-15,centroid(i,1).Centroid(1,2)-15, num2str(i),'Color', 'r')
end
希望能够得到的信息自动弹出计算了多少个细胞:
box_1 = dialog('Name','Number of targets','position',[580 300 220 100]);
uicontrol('Style','text','units','pixels','position',[45 40 120 50],'fontsize',15,'parent',box_1,'string',strcat("The number of cell:",num2str(Num_obj)));
uicontrol('units','pixels','position',[80 10 50 20],'fontsize',15,'parent',box_1,'string','OK','callback','delete(gcf)');
input_num=int32(input("please input number:\n"))
if input_num>Num_obj ||input_num<=0
errordlg("Please enter the correct integer!")
else input_num<=Num_obj ||input_num>0
image_part=(copy_mark_L==input_num)
part=regionprops(image_part,'Area')
%Please note: the unit is pixel square
disp(part.Area)
end