这个热图上面的树是根据系统发育关系画的吗？

今天培训群里有人问了这么一个问题：这个热图上面的树是根据系统发育关系画的吗？

这个问题不只问过一次，类似的问题也有一些，拿到一个图不知道各部分是怎么来的。看到树就以为是进化树，看到点就是差异基因，看到颜色就是表达。

遇到这种问题，原因一般有 2 点：

1. 主观原因：对图的含义不理解，对图怎么画出来的不清楚
   

2. 客观原因：很多工具包装太好，输入一个大对象，出各种图，不细了解的人不知道每个图的输入数据是啥 （后面落脚还是主观原因）

针对这个图，如果问“这个树是根据系统进化关系出来的吗？”

1. 首先考虑作图时有没有直接提供给程序系统进化关系 - 如果没有，那就不是系统进化树。
   

2. 其次考虑有没有提供数据让程序推断系统进化关系，比如有没有提供序列信息 - 如果没有，那就不是系统进化树。

3. 再次考虑每个分支是不是标准的物种名字，部分程序可以根据物种名获取进化关系 - 如果不是，那就不是系统进化树。
   

这个图推测绘制的应该是样本相关性热图，提供的是样本中基因或 OTU 或其它指标的丰度数据，计算相关性（也可能直接提供相关性矩阵），再进行层级聚类出的热图。树代表的是层级聚类的结果。

其它图也是，问出问题时看下自己的输入数据，给的是什么数据，再去解释图。

富集分析的图，每次问起每个点代表什么，会有人说“基因”；颜色代表什么，会有人说“基因表达量”。这也许就是思维定式，“看到颜色就是表达”。仔细看看图例，想想输入数据。

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