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Windows10/11安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS,轻松使用生信软件,效率秒杀虚拟机

生信宝典 | 566 2022-01-23 12:20 0 0 0
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很多优秀的生物信息学软件,如QIIME、QIIME 2、LEfSe等没有Windows版,而使用VirutalBox虚拟机不仅效率低,而且挂载外部硬盘和使用中也经常遇到各种问题,配置和使用详见 - 扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配置及挂载外部目录


好在Windows 10自16年9月起支持内置Linux系统,经过几年发展后使用也比较稳定,目前有最新Linux发行版Ubuntu 20.04 LTS可用,可直接通过微软商店(Microsoft Store)安装。


安装后可通过程序中的Ubuntu 20.04 LTS直接打开终端使用,也可以Rstudio中的Terimal来调用,使用非常方便。


图1. Ubuntu的终端(上)和RStudio中的Terimal(下)使用Windows 10中的Linux子系统

安装前配置


Win 10中的Linux子系统类似于Docker,需要较高的权限,因此在使用前可以需要调整一些系统设置才能顺利安装和使用。



  1. 更新系统,确保Win10系统版本>1606,建议为最新版,提高系统兼容性和安全性:开始 —— 设置 —— 更新和安装


上图显示系统需要更新。“立即重新启动”可使已经安装更新生效。“下载和安装”可以继续安装更新。可能要反复下载更新重启几次



显示“你使用的是最新版本”,系统为最新版。


2. 启动开发人员模式


同一个页面,左侧选择“开发者选项” —— 切换至“开发人员模式”,点击“是”确认,会自动安装开发人员模式程序包,并启动桌面远程工具等。


3. 启动适用于Linux的Windows子系统


Win10开始菜单旁“搜索”按钮,查找“控制面板”并打开,选择”程序” —— “程序与功能”子页面,点击“启用或关闭Windows功能”,托动滚动条至最低部,勾远“适用于Linux的Windows子系统” ,再点击“确定”。


程序会自动安装相关底层软件,然后选择立即重新启动。


4. Win11还需要安装 WSL

点击链接下载 https://wslstorestorage.blob.core.windows.net/wslblob/wsl_update_x64.msi,双击安装即可


5. Win11还需要在 PowerShell 中运行下面一句 wsl --set-default-version 1


从微软商店安装


Win10开始菜单旁“搜索”按钮,查找“app”并打开“Microsoft Store”,搜索“Ubuntu”,选择“Ubuntu 20.04 LTS”。


注:20.04 LTS目前是最新版,但新版可能也会出现一些旧软件没有测试和优化不支持的问题。如果使用的工具出现安装和使用时系统环境不支持的问题,可安装Ubuntu 18.04 LTS尝试解决。


点击安装,需要下载444.6 MB的安装包。安装完后“安装”会变成“启动”,开始菜单也会增加新的APP“Ubuntu 20.04 LTS”。


注:第一次启动会进行软件安装和布置,须等待几分钟。

提示输入用户名和密码。然后进入命令行模式,开始你的分析工作吧!


安装到其它盘

从https://www.microsoft.com/en-us/p/ubuntu-2004-lts/9n6svws3rx71#activetab=pivot:overviewtab 直接下载 Ubuntu 子系统(报名后也可从我们 QQ 群下载),放在其它盘,然后双击打开即可完成安装。


环境和目录介绍

Ubuntu20.04的安装目录:

%userprofile%\AppData\Local\Packages\CanonicalGroupLimited.Ubuntu20.04onWindows_79rhkp1fndgsc\LocalState

其中Linux系统中的根目录/为其中的rootfs目录,

你的家目录(~)则为其中的/home/yourname目录。

注:%userprofile%代表用户家目录,如C:\Users\Yourname\

程序会自动挂载系统硬盘,如c/d盘,分别对应的目录为/mnt/c/mnt/d,我们开展分析使用windows下的文件也可以轻松找到。

使用

方法1. 


在开始菜单中选择“Ubuntu 20.04 LTS”可以打开终端使用Linux,该终端支持右键粘贴功能,方便复制代码,在终端中快速粘贴并运行。


方法2. RStudio中使用。


RStudio可以打开Shell流程,逐行运行,方便随时修改,而且不必复制和粘贴代码。

在RStudio的Tools菜单中,选择Options,切换为Terminal选项卡,修改“New terimnals open with”为“Bash (Windows Subsystem for Linux)”

再打开Rstudio中新的Termianl即为Linux系统的命令行。


在Linux下软件安装主要使用conda安装

# 下载
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 安装
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -f
# 加载环境
~/miniconda3/condabin/conda init


关闭终端,再重新打开,conda环境即可生效。

conda的安装和使用可进一步阅读下文:


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