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斯坦福科学家在 GitHub 开源了莫德纳 mRNA 新冠疫苗的基因测序

开源前哨 | 37 2021-04-02 12:20 0 0 0

转自:机器之心

在世界范围内,RNA 疫苗已经成为应对疫情的关键工具。辉瑞、莫德纳等生物科技公司也早早地推出了自己研发的新冠疫苗。随着疫苗接种范围的扩大,这些疫苗中的 mRNA 正在成为人类世界中的新物种。因此,我们有必要加深对它们的了解。

近日,斯坦福大学的几位科学家在 GitHub 上公布了一份包含莫德纳新冠疫苗 mRNA 序列的新文件,或有助于增加我们对该疫苗的了解。


GitHub 链接:https://github.com/NAalytics/Assemblies-of-putative-SARS-CoV2-spike-encoding-mRNA-sequences-for-vaccines-BNT-162b2-and-mRNA-1273

这份文件共有四页:前两页是几位科学家对这项工作的解释,后两页包含莫德纳 COVID-19 疫苗的 mRNA 序列。


几位科学家表示,随着疫苗的推广,这些序列开始在很多不同的调查、诊断性研究中出现。知道这些序列并有能力将其与其他 RNA 区分开,对于分析未来的生物医学数据集是非常有用的。具体来说,它可以帮助研究者或临床医生在测序过程中快速判定该序列为治疗性 mRNA 而非宿主或感染源。

科学家们还在文件中披露了一些他们获取样本的细节,「在这项工作中,RNA 是从免疫接种后残留在小瓶中的小剂量疫苗中获得的;这些残留的疫苗本该被丢弃,只有获得 FDA 的许可才能用来做研究。」当然,科学家们在做研究之前拿到了 FDA 的许可。

研究团队还表示,他们并没有对疫苗进行逆向工程,只是「公布了两种合成 RNA 分子的假定序列,它们在 2021 年的医学和人体生物学大环境中已经变得非常普遍」。

他们说,文件发布之后,「任何有兴趣」的人都可以在此序列的基础上进行数据挖掘和过滤。研究者可以以最快的速度获得该序列,同时又不必猜测其来源,这其中包含庞大的经济价值和教育价值。

在将文件上传到 GitHub 之前,研究者联系过莫德纳,但对方没有给出回应,也没有反对他们发表。

或许对于莫德纳来说,这并不是一件大事儿,毕竟拿到序列和造出疫苗中间还有十万八千里。

PowerDNS 的创始人 Bert Hubert 此前曾利用 BioNTech / 辉瑞疫苗的公开信息推导出了其 mRNA 的序列。他在一篇博客中写道,「这并不意味着身处『分布式制造革命』中的任何人都能很快在家自制疫苗。」

疫苗的整个生产供应链非常复杂:DNA 和 mRNA 要在专门的设施中生产,mRNA 要和脂质合成脂质纳米粒(LNP),知道后者如何做的专家可能不到几百人。即使是最后的几个步骤(包括将 LNP 与其他更普通的成分混合并装入小瓶)也需要专业知识和专门设备。

一位 Hacker News 网友指出了疫苗制造的几大挑战。

在美国,一些立法者正呼吁暂停新冠疫苗的专利保护,以确保更多的人尽早接种疫苗。但前 FDA 委员、辉瑞董事会成员 Scott Gottlieb 认为,疫苗接种的真正瓶颈主要在于供应和生产,而不是知识产权限制。

据 CNBC 报道,白宫目前还在考虑是否要采纳立法者暂停专利保护的建议。

扩展阅读:科普好文 | 自然界也有源代码:一位程序员「逆向工程」了辉瑞新冠疫苗 

参考链接:
https://www.vice.com/en/article/7k9gya/stanford-scientists-reverse-engineer-moderna-vaccine-post-code-on-github
https://gizmodo.com/stanford-scientists-post-entire-mrna-sequence-for-moder-1846576268
https://news.ycombinator.com/item?id=26628233


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