软件安装不上,可能是网速慢!Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走...-技术圈

前言

NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、单细胞测序分析 (重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程（原理、代码和评述）)、DNA甲基化分析、重测序分析、GEO数据挖掘（典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集）等内容。

软件安装是生信分析的基础，除了掌握基本的软件安装理论外之后 (Linux - 命令运行监测和软件安装），就是去下载源码安装或使用包管理工具安装。通常操作都没问题时，软件却怎么都装不上，这一般都是网络问题。所以你需要一个能够快速访问的镜像，下载快还不容易断。

国内的镜像比较全的有清华镜像 (https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn)和阿里云镜像 (https://developer.aliyun.com/mirror/)。下面以清华镜像为例 (阿里云镜像没有conda)，展示下其操作。

Conda镜像

Conda增加清华的镜像，运行下面的代码 (后添加的通道优先级更高)

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

或直接把下面文字拷贝到 ~/.condarc中 (越靠前的优先级越高)

channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

Python包管理工具 pip镜像

可以每次安装时加-i参数 (或使用alias命令)。

注意，simple不能少, 是https而不是 http。

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple some-package

升级 pip 到最新的版本 (>=10.0.0) 后进行永久配置：

pip install pip -U
pip config set global.index-url https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

R包安装镜像

CRAN和Bioconductor的镜像

安装前现运行这几句话，或把这几句话放在~/.Rprofile或~/.Profile.site文件下 (Windows里面的路径是C:\Program Files\R\R-3.6.1\etc)。

local({r <- getOption("repos")
r["CRAN"] <- "http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"
options(repos=r)})

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")

自动安装包

# 安装BiocManager
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

# 获取已安装包
a = rownames(installed.packages())

install_package <- c("RColorBrewer", "gplots", "agricolae","optparse")

# 判断包是否存在，不存在则安装
for (i in install_package) {
  if (!i %in% a)
    BiocManager::install(i, update = F)
}

如果是Github的包安装起来比较慢，可以考虑在码云（https://gitee.com/）注册个账户，把`Github`的库先克隆到码云（点击几下就可以实现，码云的服务器访问Github还是很快的），然后再下载到本地安装即可。

HomeBrew

Mac下默认的不少Linux命令如awk, sed，cat等与Linux下使用方式有些差别，通常需要安装GNU系列的对应命令来统一代码操作。可以通过brew安装，但brew update过程默认是极其的慢，也需要改一下镜像。

安装Brew

/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"

配置镜像

# brew 程序本身，Homebrew/Linuxbrew 相同
git -C "$(brew --repo)"  remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/brew.git

# 索引的镜像
# 以下针对 mac OS 系统上的 Homebrew
git -C "$(brew --repo homebrew/core)"  remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-core.git
git -C "$(brew --repo homebrew/cask)"  remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask.git
git -C "$(brew --repo homebrew/cask-fonts)"  remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask-fonts.git
git -C "$(brew --repo homebrew/cask-drivers)"  remote set-url origin https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/git/homebrew/homebrew-cask-drivers.git

# 更换后测试工作是否正常
brew update

# 软件包的镜像
echo 'export HOMEBREW_BOTTLE_DOMAIN=https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/homebrew-bottles' >> ~/.bash_profile
source ~/.bash_profile

安装相应的gnu系列工具

#brew install bash
brew install coreutils

brew install gawk
brew install gnu-sed

其它镜像

还有其它镜像，如Perl的CPAN，Linux操作系统安装包，Linux操作系统自带包管理工具(yum/apt)的源，Docker镜像等。

软件安装参考

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